قصة الفيلم:تدور أحداث القصة حول عودة سلاحف النينجا من جديد في محاولة لإنقاذ مدينة نيويورك، يقوم الدكتور (باكستر) بتطوير نماذج مشابهة لسلاحف النينجا لتنفيذ خطة (شريدر) الإجرامية لتدمير مدينة نيويورك والسيطرة عليها، مستعينًا في ذلك بغزو مجهول على سماء المدينة، بينما تواجه السلاحف بالتعاون مع (أبريل، فيرن) تلك الخطة الشريرة وإنقاذ العالم
